無菌潔凈室不宜設在底層，防潮、防霉、采光好，遠離交通干道，廁所及污染區，面積不超過10㎡，高度不超過2.4m，由兩個緩沖間、操作間組成。
操作間緩沖間之間應有樣品傳遞窗，出入操作間和緩沖間的門不應直對，操作間不得安裝下水道。
無菌室內應六面光滑平整，無縫隙，不起灰，不落塵，耐腐蝕，易清洗，墻壁與地面、墻壁與天花板連接處應呈凹弧形。無菌室內的照明燈應嵌裝在天花板內，采光面積要大，光照應分布均勻，光照度不低于300勒克斯。
緩沖間和操作間應裝有紫外線殺菌燈(2-25w/m3)用于空氣消毒。紫外線波長200-300nm者具有殺菌作用，其中以265-266nm殺菌作用最強，這與DNA的吸收光譜范圍一致，其殺菌機理可能是在細菌細胞DNA中引起胸腺嘧啶雙聚體形成，從而干擾細菌細胞DNA復制，導致細菌變異死亡。紫外線殺菌燈1m以內距離殺菌效果最佳，每次開燈照射時間為30min。應定期檢查紫外線燈輻射強度，不得低于70μW·cm-21m距離。其缺點是穿透力弱，一張紙板可以阻礙光的透過，不能穿透固體物，故只能用作表面消毒及一些不耐熱或化學消毒劑物品的消毒。
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